Generativní množení
Pohlavní (generativní) rozmnožování má zcela jiný charakter než množení vegetativní. U vodních rostlin je silně ovlivněno prostředím. Některé rostliny kvetou i pod vodou. Květ nese pohlavní orgány, tyčinky a pestíky. Po opálení se ze semeníku vytváří plod a v něm se zpravidla vyvíjejí semena. Vodní a bahenní rostliny vytvářejí květy jen za určitých podmínek. Pro kvetení rostlin má zásadní význam osvětlení a jeho délka, tj. poměr délky doby osvětlení k délce doby tmy (fotoperiodismus). Některé rostliny kvetou jen z podmínek krátkého dne, jiné naopak jsou dlouhodenní. Dobře jsou tyto rozdíly patrny u některých šípatkovců (Echionodorus) pocházejících z různých zeměpisných šířek. Echionodorus parviflorus je rostlina krátkodenní, vytváří květenství jen tehdy, je-li doba osvitu kratší než 12 hodin. U E. berteroi submerzní rostliny při světle delším než 12 hodin přecházejí v emerzní, mohutné, ochotně kvetoucí rostliny. Šípatka Sagittaria platyphylla tvoří širokolisté, páskovité ponořené listy jen za krátkého dne, emerzní listy a květy vyrůstají za dlouhého dne.
Květy dvoudomých vodních rostlin v přírodě nejčastěji opyluje vítr (rostliny větrosnubné, anemofilní), málokdy hmyz. Pyl růžkatce (Ceratophyllum) a řečanky (Najas) se přenáší vodou, pyl okřehku (lemna) a blatouchu (Caltha) přenášejí vodní plži.
U některých vodních rostlin, například u stolístku (myriophylum) nebo kalatek (Aponogeton), je samoopylení květu omezeno tím, že na kláscích se květy vyvíjejí postupně – samčí květy v horní části dříve než samičí ve spodní části.
Podstatně jednodušší je situace u rostlin jednodomých. Na jedné rostlině jsou buď jen květy samčí, nebo jen samičí. Tak je tomu např. u čeledi voďankovitých (Hydrocharitaceae), která zahrnuje největší množství pravých vodních ponořených rostlin různých tvarových typů (vodní mor kanadský – Elodea canadensis, řezan – Stratiotes, voďanka žabí – Hydrocharis morsus ranae, zakruticha – Vallisneria).
Zajímavý způsob opálení má zakruticha (vallisneria); na některých rostlinách se na bázi listů objevují drobné samčí květy, obalené dvěma prosvítavými blanitými listeny v podobě váčku. Tyto květy jsou velmi redukované, mají jen 2 tyčinky. Celý květ uzavírá v sobě vzduchovou bublinu, takže v době zralosti, je vynesen na vodní hladinu a plevele na lodičkovitě prohnutých okvětních lístcích. Jiné rostliny nesou samičí květy. Ty zase vyrůstají na dlouhé, nitkovité, spirálovitě vyvinuté stopce a jsou větší a lépe vyvinuté než samčí květy. Vyrůstají z válcovitého, zeleného váčku. Ze semeníku ční 3 blizny. Spirálovitě točená stopka vynese samičí květ také na hladinu a tam dojde k opálení pylem samčích květů. Po opálení květ zase klesá dolů. Plodem je tobolka s mnoha semeny, která po dozrání snadno klíčí v mělké vodě.
Zralá semena a plody mají u vodních a bahenních rostlin někdy zajímavý tvar a tvrdou skořápku. Ozdobné peckovice s trny má kotvice (Trapa) a velmi tvrdá semena („oříšky“), která dozrávají v plodu podobném makovici, mají lotosy (Nelumbo). Taková semena klíčí jen po mechanickém narušení obalu.
Velmi zajímavý je také způsob rozšiřování některých semen vodních rostlin. Semena šmelu (Butomus) a růžkatce (Ceratophyllum) mají vrstvy buněk naplněných vzduchem, takže je vítr a voda snadno roznášejí. Plody plavínu (Nymphoides) a dvouzubce (Bidens) mají ostny a zachycují se na peří ptáků. Ptáci vůbec šíří semena mnoha rostlin. Dokonce i ryby mohou nepatrnou měrou rozšiřovat semena vodních rostlin. Semena stulíku (Nuphar), leknínů (Nymphaea), rdesů (Potamogeton) a vachty trojlisté (menyanthes trifoliata) mohou projít zažívacím traktem ryb, aniž ztrácejí klíčivost – právě naopak klíčí ještě rychleji. Drobná semena s jemným chmýřím rákosin (orobinec – Tupna, suchopýr – Eriophorum) jsou roznášena po rozpadu květenství větrem do okolí.
Semena vodních a bahenních rostlin jsou obyčejně velmi malá. Po dozrání mění barvu ze zelené na hnědou, a to je známka toho, že dozrála. Pokud dosáhneme u vodních rostlin semen, vyséváme je vždy raději ihned po dozrání.
Semena některých druhů vyséváme do misek se směsí bahnitého písku a rašeliny. Posypeme je čistým pískem a hodně provlhčíme. Tento způsob je úspěšný u šípatek (Sagittaria), šípatkovců (Echinodorus), solenky (Samolus), kosatců (Iris), ostřic (Carex) aj.
Některá semena (Aponogeton, Barclaya, Ottelia) naopak necháme volně plavat na vodě, než začnou klíčit, pak je teprve přepichujeme do nádobek s pískem nebo do malých akvárií. U tropických a subtropických rostlin se osvědčily jako dostatečné pro klíčení semen teploty od 20 – 25°C.
Semena našich vodních rostlin klíčí již při teplotě 10°C (lekníny, stulíky). Každé klíčení začíná tím, že suché semeno nasaje vodu, zvětšuje objem, a tím se roztrhne osemení. Současně začne růst zárodek, po čase i kořínek a první asimilační zelené listy.